أخذ برنابا معه مرقس ابن اخته ومضيا إلى قبرص وبشرا فيها.
في قبرص ردّ كثيرين من أهلها إلى الإيمان بالسيد المسيح، ثم عمداهم. فحنق اليهود وحرضوا عليهما والي المدينة والشيوخ، فقبضوا على الرسول برنابا وضربوه ضربًا أليمًا ثم رجموه بالحجارة حتّى الموت وبعد ذلك حرقوا جسده.
استشهد برنابا بذلك في قبرص بالرجم على يد اليهود في يوم 11 يونيو/حزيران، وهو اليوم الذي تعيّد الكنيسة له في كل عام.
وبعد انصراف القوم الذين رجموه، تقدم مرقس وحمل جسد برنابا، لفه بلفائف ووضعه في مغارة خارج قبرص.
ويشير التقليد على أنّ ضريح برنابا هو بالقرب من فاما غوستا في قبرص.
البعض ينسبون إليه الرسالة إلى العبرانيين. في حين تنسب إليه أيضًا رسالة معنونة باسمه. إلا أنه لا يُعرف كاتبها. أما إنجيل برنابا الذي يزعم البعض أن برنابا كاتبه هو مُؤلف وضع في القرون الوسطى وألصق به اسم برنابا باطلًا.