يقع هذا الدير في سفح الجبل الغربي المعروف بجبل قسقام . نسبة إلي المدينة التي خربت ، ويبعد نحو 12 كم غرب بلدة القوصية التابعة لمحافظة أسيوط ، علي بعد 327 كم جنوبي القاهرة .
مكثت العائلة المقدسة نحو حوالي ستة أشهر وعشرة أيام ، في المغارة التي أصبحت فيما بعد هيكلا لكنيسة السيدة العذراء الأثرية في الجهة الغربية من الدير . ومذبح هذه الكنية حجر كبير كان يجلس علية السيد المسيح .
وفي هذا الدير ظهر ملاك الرب ليوسف الشيخ في حلم قائلا :" قم وخذ الصبي وأمة واذهب إلي أرض إسرائيل لأنه قد مات الذين كانوا يطلبون نفس الصبي " - مت .
الـعــودة
وفي طريق العودة سلكوا طريقا آخر انحرف بهم إلي الجنوب قليلا حتى جبل أسيوط ( المعروف بجبل درنكة) وباركته العائلة المقدسة ، حيث بني دير باسم السيدة العذراء يقع علي مسافة 8كم جنوب غرب أسيوط .
ثم وصلوا إلي مصر القديمة ثم المطرية ثم المحمة ومنها إلي سيناء ففلسطين حيث يسكن القديس يوسف والعائلة المقدسة في قرية الناصرة بالجليل