عندما هاجم البربر برية شيهيت، عزم الأنبا موسى على عدم الهروب، وقال لإخوته الرهبان: “من قتل بالسيف، بالسيف يُقتل، هذا هو وقت الشهادة”. رفض الهرب وتمسك بالبقاء، واستُشهد مع سبعة من تلاميذه في سنة 405 ميلادية تقريبًا.
ويُعد الأنبا موسى الأسود نموذجًا خالدًا للتوبة الحقيقية، التي لا تعرف ماضيًا، بل تصنع حاضرًا مقدسًا وتستمر الكنيسة في تكريمه بتذكاره السنوي، وتسمية كنائس وأديرة ومذابح على اسمه، ليبقى شاهدًا حيًّا على رحمة الله وقدرته على تغيير أقسى القلوب.