اتسم الإنجيل بحسب يوحنا باستخدامه طريقة المقابلة، نذكر على سبيل المثال:
* أُفتتح سفر التكوين بالعبارة: "في البدء خلق اللَّه السموات والأرض"، وأُفتتح الإنجيل هكذا: "في البدء كان الكلمة... به كان كل شيء".
* تمت الخليقة في 6 أيام، وبدأ تجديد الخليقة في اليوم السادس من بدء شهادة يوحنا عنه (يو 19:1-1:2) إلى دخوله العرس، وتحويل ماء حياتنا إلى خمر محبته.
* نجد مقابلة بين نيقوديموس رئيس اليهود المتردد (يو 3) والسامرية غريبة الجنس الشاهدة له لتجتذب المدينة كلها (يو 4).
* عند حديثه عن تناول جسده المقدس نفر منه كثيرون (يو 66:6)، يقابل هذا تعلق تلاميذه به بالأكثر، إذ يقول القديس بطرس: "يا رب إلى من نذهب، كلام الحياة الأبدية عندك؟ ونحن قد آمنا وعرفنا أنك أنت المسيح ابن اللَّه الحيً" (يو 68:6، 69).
* عند تفتيح عيني المولود أعمى (يو 9) اجتمع الفريسيون معًا لمقاومة السيد، معلنين أنه رجل خاطئ (24:9)، بينما وقف الأعمى يشهد له أمامهم ويحاجهم. لذا قال السيد: "لدينونة أتيت أنا إلى هذا العالم، حتى يبصر الذين لا يُبصرون، ويعمى الذين يُبصرون" (يو 39:9).