أزمة في العلاقات القبطية السريانية:
لما وجد البابا كيرلس الثالث أن الشعب ببلاد الشام يتكاثر وأن بعضهم يتقدم لرتب الكهنوت دون استحقاق ودون فحص [57] فكر في رسامة مطران قبطي للقدس على أن تشمل إيبارشية بلاد الشام والساحل حتى نواحي الفرات، ونفذ هذه الفكرة فعلًا في السنة الثانية من بطريركيته وهى سنة 1236م. وكانت هذه هي المرة الأولى في التاريخ التي يُرسم فيها مطران قبطي للقدس، وقد دعاه باسم الأنبا باسيليوس[58]. غير أن هذا الأمر أغضب البطريرك الأنطاكي المعاصر مار أغناطيوس الثالث داود (1222- 1252م) لأن أملاك الأقباط بالقدس كانت تدار من قبل بواسطة السريان، ووجه رسالة للبابا كيرلس الثالث معترضًا على رسامة هذا المطران[59]، كما رد على هذا الموقف برسامة راهب دعى (توما) مطرانًا على الحبشة الخاضعة للكرسي الإسكندري.
غير أن البابا كيرلس الثالث أنتهز فرصة قدوم البطريرك الأنطاكي للدق، فأرسل له أسقف الخندق واحد قساوسة مصر بهدية من هدايا مصر وحملًا غليه رسالة من البطريرك الأنطاكي الأمر بهدوء واقتنع بضرورة وجود مطران قبطي في القدس والشام لرعاية وإدارة مصالحهم بهما، وتم الصلح بينهما، فأمر البابا كيرلس كنائسه بكل مصر، بأن تذكر اسم البطريرك الأنطاكي في جميع الصلوات والقداسات بجميع البيع والأديرة، بكافة المدن والقرى[60].