وقد وجدت رسالة رفعها مطران طرابلس صفرونيوس إلى بطريرك أنطاكية في29 نيسان من العام 1864 تفيد بأنّ الدير كان يسكنه رهبان في تلك الآونة أيضاً، وأنّ العسكر قد طلع إلى الدير وهجم على الرهبان بغية الحصول على ما هو قيّم، ولمّا رفض الرئيس تسليم ما قد ائتمنه عليه الله جرى ضربه ضرباً مبرّحاً كان من نتيجته أن فقد بصره وإحدى يديه.
وممّا يؤكّد هذا القول أنّه عندما أتت الراهبات إلى الدير في العام 1956 أخبرهنّ أحد الأشخاص الذين عملوا في مزرعة الدير قصّة الدير التي تلقّاها عن والده والتي تفيد بأنّ رهباناً كانوا يقيمون فيه وأن رئيسهم كان أعمى
يوجد في الدير كتاب المواعظ الشريفة لأبينا الجليل في القدّيسين أثناسيوس بطريرك أورشليم المطبوع في حلب. على هامش الكتاب يوجد النصّ التالي الذي يرجع في تاريخه إلى أوّل شهر آب 1712م
" المجد لله دائماً، كيرلس برحمة الله تعالى البطريرك الأنطاكي وسائر المشرق هذه المواعظ الشريفة مواعظ القديس أثاناسيوس الكبير فهي (وقفاً مؤبداً وحبساً مخلّداً) على دير القديس المعظم مار يعقوب المقطّع خارج مدينة طرابلس". ممّا يدل على أنّ الدير كان عامراً في تلك الآونة. للقدّيس يعقوب إكرام مميّز في الشرق إذ تكثر الكنائس على اسمه هنا وثمّة في لبنان والعراق وسوريا .... منها الأرثوذكسيّة والكاثوليكيّة والمارونيّة.