كان استشهاد يعقوب في مدينة بابل على نهر الفرات وقيل أنه كان يوم جمعة. وقد تمكّن بعض الأتقياء من سرقة الجثمان ولملمة الأطراف ونقل الهامة لتوارى الثرى بإكرام وخشوع.
هذا، ورفات القدّيس اليوم في أكثر من موضع في العالم؛ فالهامة في روما وبعض من عظامه في بلاد البرتغال حيث يحتفل بعيده في اليوم الثاني والعشرين من شهر أيار.
تجدر الإشارة إلى العديد من الكنائس والأديرة عندنا، لاسيما في شمالي لبنان، يتخذ القدّيس يعقوب الفارسي شفيعاً هذا و في ديره العامر في بلدة دده يمتلك الدير كنزا ثمينا الا و هو قطعة من إصبع خنصره و قد احضرت من أورشليم.