أراد أحد سكان الجزيرة ويدعى "خورميس" أن يقوم بمساعدةٍ لبلده، وذلك بأن يدرّس أحد شبّانها على نفقته. وعندما سمع بالشمّاس الجديد أرسله بإذن الميتروبوليت إلى أثينا حيث أنهى دراسته الثانوية هناك، وبعد ذلك أرسله خورميس إلى بطريرك الإسكندرية "صوفروينوس" مع رسالةٍ يطلب فيها من البطريرك مساعدة الشمّاس نكتاريوس. فقبله البطريرك بفرح، وعندما تحقّق من فضيلته أرسله من جديد إلى أثينا كي يدرس اللاهوت. فنال إجازة اللاهوت عام 1885م. وبعد عودته إلى الإسكندرية سامه البطريرك كاهناً عام 1886م، وعيّنه واعظاً وأميناً لسرّ البطريركية، فضلاً عن كونه الوكيل البطريركي في القاهرة، فأخذ القدّيس نكتاريوس يقوم بعمله بكل جدّ ونشاط. مضت على هذه الحالة خمس سنوات، حيث سيِمَ بعدها ميتروبوليتاً على "المدن الخمس - pendapoleos"، وقد أحبّه الجميع وتعلّقوا به لتواضعه وبساطته وسعة قلبه. فقد فهم الكهنوت لا تسلّطاً وزعامة بل خدمة وتواضعاً وبذلاً للذات. وكان يصلّي إلى الربّ قائلاً: "ربّي، لماذا رفعتني إلى هذه المرتبة العالية؟ لقد طلبت منك أن أصبح لاهوتياً فقط وليس أسقفاً. منذ صباي كنت أطلب إليك أن تؤهلّني لأصير واحداً من عمالك البسطاء، أمّا أنت يا ربّ فإنك تختبرني الآن بأمور كثيرة، لكني أخضع لمشيئتك وأطلب إليك أن تجعل فيّ التواضع دائماً، وأن تغرس فيّ بذور الفضائل الأخرى، وأن تؤهّلني لأن أعيش بقية زمان حياتي حسب قول الرسول بولس الإلهي: لست أنا أحيا بل المسيح يحيا فيّ".