بعد نياحة البابا مكاريوس (مقار) اُختير ثيؤفانيوس خلفًا له سنة 953 م.، وكان عهده يمثل نكبة على الكنيسة إذ كان على ما يظن مُصابًا بمرض عصبي.
في أوائل أيام بطريركيته شعرت الكنيسة بعسر مالي عظيم وخلت مخازن البطريركية من الأموال بسبب الضريبة التي كانت معينة على كنائس الإسكندرية. لقد زاد النهب المتواصل الذي كان واقعًا على الأقباط من الحكام والولاة.
إذ رأى البطريرك أن الشعب القبطي ضجر من هذه الغرامات الباهظة التي تُدفع للحاكم، طلب من كنيسة الإسكندرية التنازل عن ما اعتاد سابقوه أن يدفعوه لها، لكنها أصرت على المطالبة بحقها. وكان البطريرك ثيؤفانيوس حاد الطبع، سريع الغضب، غير قادر على كبح جماح غيظه، فلما رأى تصميم أقباط الإسكندرية على المطالبة بالغرامة أخذ يشتمهم ويوبخهم بما خرج به عن دائرة التعقل حتى استاء منه الكهنة وأظهروا غيظهم منه بكلمات قاسية وجهوها إليه، فازداد هيجانه وصياحه، فحمله بعضهم في مركب إلى بابيليون لظنهم أنه يهدأ إذا استنشق نسيم النيل، ولكنه لم يكف عن هياجه، فتشنجت أعصابه حتى مات، هنا اختلفوا في سبب موته.